De forme étirée entre le fleuve Niger au nord et la plaine côtière dans le sud, le relief de l'ensemble du pays est peu accidenté. Le nord du pays est principalement constitué de savane et de montagnes semi-arides. Le point culminant est le mont Sagboroa à 658 mètres. Le sud du pays est constitué d'une plaine côtière basse parsemée de marécages, lacs et lagunes comme par exemple le lac Nohoué ou la lagune de Porto Novo dans laquelle se jette l'Ouémé, fleuve principal du pays (après le Niger).

La majeure partie de la population vit dans les plaines côtières méridionales, où les plus grandes villes du Bénin sont concentrées, notamment Porto Novo et Cotonou.